La base du plan d'échantillonnage est l'inventaire des produits que les membres sont tenus de remplir chaque année. Sur la base des tonnages déclarés - et de l'analyse de risque élaborée par le groupe de travail "Sécurité et qualité des aliments" - un système automatique détermine de manière aléatoire le nombre d'échantillons à prélever par produit et par contaminant (métaux lourds, dioxines, mycotoxines, etc.). Le plan d'échantillonnage de BFA est entièrement disponible en ligne. 

Ces échantillons sont prélevés à trois niveaux :

Chaque participant peut consulter un aperçu des échantillons à prélever chaque année, en indiquant les paramètres à tester et le laboratoire de destination. Il en va de même pour les résultats d'analyse.

Le plan d'échantillonnage sectoriel a été reconnu et validé par l'Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire (AFSCA).