BFA is een vzw waarvan de structuur statutair bepaald is. De dagelijkse werking van de organisatie wordt waargenomen door de Managing Director (Katrien D'hooghe), samen met haar team.

Driejaarlijks wordt er een voorzitter (Dirk Van Thielen (2019)) en ondervoorzitter (Rik Vandeputte (2022)) aangeduid, die het team indien nodig met raad en daad bijstaan.

Het beslissend orgaan van BFA bestaat zowel uit een Bestuursorgaan, als uit een Bureau. De bestuurders van het Bestuursorgaan worden door de Algemene Vergadering verkozen, en ieder lid mag slechts door één bestuurder vertegenwoordigd zijn (tenzij anders bepaald).

Tot slot duidt de Algemene Vergadering elk jaar een commissaris aan, die de rekeningen van elk dienstjaar nakijkt.